APMの自動PID調節機能はArduCopter3.1-rc5以降のバージョンで利用できます。「Stabilize P、Rate P、D」をオートチューン機能を使って自動的に値を設定することができます。

手順は、
0. MissionPlannerのPIDの値をすべてメモしておく。
1. MissionPlannerを使ってCH７をAutoTuneに割当ます。
2. MissionPlannerを使って、ModeをAltHoltに設定できるようにする。
3. Stablizeモードで離陸し、7m程上空でAltHoldモードに切り替える。
4. AutoTuneをオンにする。
5. 自動的にロール方向と、チルト方向にコプターが傾く動作をはじめる。
6. 自動調整動作が止まるまで待つ。PID調整中もコントロールは可能なので、流れるようならポジションを調節する。
7. 傾く動作が止まると、stablizeモードに戻して操作する。
8. 新しいPIDと、古いPIDはCH7のスイッチを使って切り替えが可能。
9. 新しいPIDがよければAutuTuneのスイッチがオンになったままの状態で、ランディングし、ディスアームドモードに変更することでコントローラーに書き込まれる。
10. 古いPIDがよければAutoTuneのスイッチをオフにして、ランディングすると、新しいPIDの値は書き込まれずに消去される。
11. MissionPlannerを立ち上げ、新しいPIDの値を確認する。